广东省哥弟菩及公益基金会的决策机构是理事会，基金会第二届理事会由五名理事组成，五年一届，期满可连任，对基金会战略规划、年度计划、预算等重大事项进行审议和审批。同时设立监事会，由三名监事组成，主要负责监督基金会的财务状况和项目执行状况。 秘书处是基金会的常设办事机构，在理事会领导下全面负责基金会的日常项目运作，秘书长负责统筹管理基金会日常工作，下设四个部门：项目部、行政部、财务部和传播部。